Cotia era um ponto de passagem, próximo ao aldeamento de Akuti, no Caiapiá, que mais tarde passou a chamar-se Cuty e depois Acutia. A origem do nome advém dos mamíferos roedores (kutis), animais de estimação pelos indígenas. No início do século XVIII, sua localização se consolidou junto à Capela de Nossa Senhora de Monte Serrate. Em 2 de abril de 1856, foi elevada à categoria de Vila. Em 19 de dezembro de 1906, pela lei estadual 1038, foi elevada à condição de cidade, com a denominação Cotia.